哥白尼在1506～15间已经写成“太阳中心学说”的提纲——《试论天体运行的假设》，可是《运行》一书却直到1543年他临终时才出版。他在《运行》一书的“序言”里提到这种情况时说：“在漫长的岁月里，我曾经迟疑不决。”
哥白尼对于这本著作的出版，为什么要“迟疑不决”呢？原因就在于他害怕教会对这一新兴科学理论的迫害。
早在哥白尼旅居意大利的时候，教皇亚历山大六世就重新颂布“圣谕”，禁止印行未经教会审查的书籍，可疑的书籍一律焚毁。
1506年哥白尼从意大利归国时，就亲眼看到宗教裁判官对胡斯分子的血腥镇压，许多密谋聚会的人都被抓起来活活烧死。在哥白尼的一生里，波兰国境内至少进行过300次以上的宗教裁判活动。哥白尼也经常受到威胁和迫害，在他担任弗隆堡大教堂修士的瓦尔米亚教区，他舅父务卡施大主教死后，几个继任的大主教都三令五申地“查禁邪教”并对修士们严加监视。他们认为哥白尼是个“叛教者”，直到他临终时，身边还有上司所布置的密探和奸细。
主使迫害哥白尼的，是波兹南宗教裁判官堆霍兹乌施，他是一个焚书的狂徒，后来升任波兰大主教。他连哥白尼的亲戚朋友都看成眼中钉，恣意迫害，其中包括修士亚历山大·斯古尔捷特和女管家安娜。
斯古尔捷特虽是个修士，却信奉无神论，自己不做圣功，别人做圣功他还嘲笑。他对哥白尼十分钦佩，两人很快就成为知己。这就引起霍兹乌施和新任主教扬·丹提谢克的猜忌。丹提谢克是个很阴险的家伙，他看出如果《运行》出版，他所维护的神学殿堂就会土崩瓦解。于是，丹提谢克开始向哥白尼步步进逼。他首先要哥白尼和斯古尔捷特断绝往来遭到哥白尼的严词拒绝。斯古尔捷特后来遭到罗马教廷拘捕。
不久，丹提谢克又根据弗隆堡教长的告密，强迫哥白尼和安娜脱离关系。哥白尼和安娜同居已近十年，感情很深。哥白尼向丹提谢克这个无理的要求提出抗议，但丹提谢克胡说安娜已使哥白尼“失魂落魄”，为了他的“灵魂得救”，他勒令安娜立即迁出弗隆堡。哥白尼在悲愤之下，几次要扯下身上的僧袍，扬言要还俗。为了使哥白尼的写作工作能继续下去，安娜忍痛离开了箭楼。不久，她又被驱逐出境。
这一期间，罗马教廷对哥白尼的学说也很感惊慌。1533年，教皇克雷蒙七世曾
